彭城

研究员 博导

邮箱：chengpeng@ynu.edu.cn

个人简历

1999年9月-2003年6月，湖北大学，计算机科学与技术，学士

2003年9月-2006年6月，湖北大学，系统分析与集成，硕士

2006年9月-2011年12月，上海交通大学，计算机软件与理论，博士

2008年12月-2010年11月，美国加州大学伯克利分校，生物工程，访学

2011年12月-2014年6月，华中农业大学，生命科学技术学院，历任讲师和副教授

2014年6月-2019年6月，华中农业大学，信息学院，副教授

2019年6月-2020年5月，304.cam永利集团，304.cam永利集团，副教授

2020年5月-至今，304.cam永利集团，304.cam永利集团，研究员

研究方向

1、单细胞多组学：开展单细胞转录组、单细胞表观组和空间转录组等单细胞多组学的计算和应用研究。

2、神经发育：使用遗传学、生物化学和单细胞多组学等方法，研究重要基因调控神经发育的分子机理。

招生说明

课题组在生物信息学、生物化学与分子生物学、生物与医药（生化方向）三个专业招生。

代表性论文（#表示共同第一作者，*通讯或共同通讯作者）

1. Jianfen Yang^#, Yu Li^#, Yiyuli Tang, Ling Yang, Chunming Guo, Cheng Peng*. Spatial transcriptome reveals the region-specific genes and pathways regulated by Satb2 in neocortical development. BMC Genomics 2024, 25:757

2. Yang Feng^#, Jie Zhou^#, Dianjue Li, Zhen Wang, Cheng Peng*, Guangtao Zhu*. The haplotype-resolved T2T genome assembly of the wild potato species Solanum commersonii provides molecular insights into its freezing tolerance. Plant Communications 2024. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.100980.

3. Wenrui Han^#, Detong Shi^#, Qiu Yang, Xinxin Li, Jian Zhang, Cheng Peng*, Fang Yan*. Alteration of chromosome structure impacts gene expressions implicated in pancreatic ductal adenocarcinoma cells. BMC Genomics, 2024, 25:206

4. Yingzhou Hong^#, Kai Song^#, Zongbo Zhang^#, Yuxia Deng, Xue Zhang, Jinqian Zhao, Jun Jiang, Qing Zhang, Chunming Guo*, Cheng Peng*. The spatiotemporal dynamics of spatially variable genes in developing mouse brain revealed by a novel computational scheme. Cell Death Discovery, 2023, 9: 264.

5. Dan-Ya Wu^#, Xinxin Li^#, Qiao-Ran Sun, Cheng-Li Dou, Tian Xu, Hainan He, Han Luo, Haitao Fu, Guo-Wei Bu, Bingbing Luo, Xia Zhang, Bin-Guang Ma, Cheng Peng*, Yi-Liang Miao*. Defective chromatin architectures in embryonic stem cells derived from somatic cell nuclear transfer impair their differentiation potentials. Cell Death & Disease, 2021, 12:1085.

6. Han Luo^#, Xinxin Li^#, Haitao Fu, Cheng Peng*. HiCHap: a package to correct and analyze the diploid Hi-C data. BMC Genomics, 2020, 21:746.

7. Zi Wen, Zhi-Tao Huang, Ran Zhang, Cheng Peng*. ZNF143 is a regulator of chromatin loop. Cell Biology and Toxicology, 2018, 34:471-478.

8. Xiao-Tao Wang, Wang Cui, Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, 45(19): e163.

9. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.

10. Cheng Peng^#*, Liang-Yu Fu^#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.

11. Cheng Peng, Teresa Head-Gordon*. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase. PLoS Computational Biology. 2011,7:e1002082.

12. Cheng Peng*, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon*. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition. Biophysical Journal. 2010,98:2356-2364.